Органами управління Фонду є:
 - Наглядова рада,
 - Рада Фонду та
 - Дирекція Фонду.

Функції  наглядової  ради  Фонду  виконує  Міжвідомча  рада   з   координації фундаментальних  досліджень  відповідно  до  Положення  про  Міжвідомчу  раду   з координації  фундаментальних  досліджень,   затвердженого   постановою   Кабінету Міністрів України від 21 лютого 2001 р. № 164.

Керівним органом Фонду є рада Фонду чисельністю 25 осіб, до  складу  якої  входять провідні вчені і фахівці.

Очолює раду Фонду голова Фонду, який має одного заступника з числа членів ради.

Рада Фонду:
 - визначає  основні   наукові   напрями   діяльності   Фонду    щодо    підтримки    фундаментальних наукових досліджень;
 - визначає  перелік  пріоритетних  питань,  з   яких  передбачається   проведення    конкурсу;
 - затверджує склад експертних рад за відповідними  науковими  напрямами, визначає експертів  для   проведення   експертизи   проектів   фундаментальних  наукових   досліджень;
 - здійснює загальний розподіл коштів, які спрямовуються  на  розв'язання основних завдань Фонду;
 - здійснює контроль за  виконанням  наукових  проектів  та  використанням  коштів Фонду;
 - розглядає та затверджує річні звіти Фонду.

Виконавчим органом Фонду  є його дирекція, очолювана директором Фонду.

Дирекція Фонду:
 - організовує надання підтримки  фундаментальних  наукових  досліджень  у  галузі природничих, технічних і гуманітарних наук, що проводяться на конкурсній основі науковими установами, вищими навчальними закладами, вченими;
 - здійснює   науково-організаційну   діяльність,   спрямовану    на    методичне, організаційне і фінансове  забезпечення  підтримки  конкурсних  фундаментальних наукових досліджень;
 - подає раді Фонду пропозиції щодо розроблення  та  підтримки  основних  напрямів наукової діяльності, окремих програм і проектів та їх фінансування;
 - готує матеріали та організовує засідання ради Фонду.

Директор Фонду:
 - організовує роботу дирекції Фонду, приймає рішення з питань поточної діяльності Фонду та забезпечує виконання рішень ради Фонду;
 - без доручення в межах своїх повноважень представляє Фонд  в  органах  державної влади, а також у відносинах з іншими  юридичними  і  фізичними  особами,  видає доручення на вчинення юридичних дій від імені Фонду.